Когда в 1654 г. открылась война с Польшей, ему поручен был чрезвычайно трудный пост: с малыми военными силами он должен был сторожить московскую границу со стороны Литвы и Ливонии. Он отлично исполнил возложенное на него поручение. В 1656 г. началась война со Швецией, и сам царь двинулся в поход под Ригу. Когда московские войска взяли один из ливонских городов на Двине, Кокенгаузен (старинный русский Кукейнос, когда-то принадлежавший полоцким князьям), Нащокин был назначен воеводой этого и других новозавоеванных городов. На этой должности Ордин-Нащокин делает очень важные военные и дипломатические дела: сторожит границу, завоевывает ливонские городки, ведет переписку с польскими властями; ни одно важное дипломатическое дело не делается без его участия. В 1658 г. его усилиями заключено было Валиесарское перемирие со Швецией, условия которого превзошли ожидания самого царя Алексея. В 1665 г. Ордин-Нащокин сидел воеводой в родном своем Пскове. Наконец, он сослужил самую важную и тяжелую службу московскому правительству: после утомительных восьмимесячных переговоров с польскими уполномоченными он заключил в январе 1667 г. в Андрусове перемирие с Польшей, положившее конец опустошительной для обеих сторон тринадцатилетней войне. В этих переговорах Нащокин показал много дипломатической сообразительности и уменья ладить с иноземцами. Он вытягал у поляков не только Смоленскую и Северскую землю и Восточную Малороссию, но и из Западной – Киев с округом. Заключение Андрусовского перемирия поставило Афанасия очень высоко в московском правительстве, составило ему громкую дипломатическую известность. Делая все эти дела, Нащокин быстро поднимался по чиновной лестнице. Городовой дворянин по отечеству, по происхождению, по заключении упомянутого перемирия, он был пожалован в бояре и назначен главным управителем Посольского приказа с громким титулом «царской большой печати и государственных великих посольских дел сберегателя», т. е. стал государственным канцлером.

Такова была служебная карьера Нащокина. Его родина имела некоторое значение в его судьбе. Псковский край, пограничный с Ливонией, издавна был в тесных сношениях с соседними немцами и шведами. Раннее знакомство с иноземцами и частые сношения с ними давали Нащокину возможность внимательно наблюдать и изучить ближайшие к России страны Западной Европы. Это облегчалось еще тем, что в молодости Ордин-Нащокину как-то посчастливилось получить хорошее образование: он знал, говорили, математику, языки латинский и немецкий. Служебные обстоятельства заставили его познакомиться и с польским языком. Так он рано и основательно подготовился к роли дельца в сношениях Московского государства с европейским Западом. Его товарищи по службе говорили о нем, что он «знает немецкое дело и немецкие обычаи знает же». Внимательное наблюдение над иноземными порядками и привычка сравнивать их с отечественными сделали Нащокина ревностным поклонником Западной Европы и жестоким критиком отечественного быта. Так он отрешился от национальной замкнутости и исключительности и выработал свое особое политическое мышление: он первый провозгласил у нас правило, что «доброму не стыдно навыкать и со стороны, у чужих, даже у своих врагов».