Во время шведской войны в покоренном краю по Западной Двине русские рейтары и донские казаки принялись грабить и мучить обывателей, хотя те уже присягнули московскому царю. Нащокин, сидя тогда воеводой в Кукейносе, возмущался до глубины души таким разбойничьим способом ведения войны; у него сердце обливалось кровью от жалоб разоряемого населения. Он писал царю, что ему приходится посылать помощь и против неприятелей, и против своих грабителей. «Лучше бы я на себе раны видел, только бы невинные люди такой крови не терпели. Лучше бы согласился я быть в заточении необратном, только бы не жить здесь и не видать над людьми таких злых бед». Царь Алексей всего более способен был оценить это качество в своем сотруднике. В грамоте 1658 г., возводя Нащокина в думные дворяне, царь хвалит его за то, «что он алчных кормит, жаждущих поит, нагих одевает, до ратных людей ласков, а ворам не спускает».

Таковы административные взгляды и приемы Нащокина. Он делал несколько попыток практического применения своих идей. Наблюдения над жизнью Западной Европы привели его к сознанию главного недостатка московского государственного управления, который заключался в том, что это управление направлено было единственно на эксплуатацию народного труда, а не на развитие производительных сил страны. Народнохозяйственные интересы приносились в жертву фискальным целям и ценились правительством лишь как вспомогательные средства казны. Из этого сознания вытекали вечные толки Нащокина о развитии промышленности и торговли в Московском государстве. Он едва ли не раньше других усвоил мысль, что народное хозяйство само по себе должно составлять один из главнейших предметов государственного управления.

Нащокин был одним из первых политико-экономов на Руси. Но чтобы промышленный класс мог действовать производительнее, надо было освободить его от гнета приказной администрации. Управляя Псковом, Нащокин попытался применить здесь свой проект городского самоуправления, взятый «с примеру сторонних чужих земель», т. е. Западной Европы. Это единственный в своем роде случай в истории местного московского управления XVII в., не лишенный даже некоторого драматизма и ярко характеризующий как самого Нащокина, его виновника, так и порядки, среди которых ему приходилось действовать. Приехав в Псков в марте 1665 г., новый воевода застал в родном городе страшную неурядицу. Он увидел великую вражду между посадскими людьми: «лутчие», состоятельные купцы, пользуясь своей силой в городском общественном управлении, обижали «середних и мелких людишек» в разверстке податей и в нарядах на казенные службы, вели городские дела «своим изволом», без ведома остального общества. Те и другие разорялись от тяжб и приказной неправды.

Из-за немецкого рубежа в Псков и из Пскова за рубеж провозили товары беспошлинно. Маломочные торговцы, не имея оборотного капитала, тайно брали у немцев деньги на подряд, скупали подешевле русские товары и как свои продавали, точнее, передавали их своим доверителям, довольствуясь ничтожным комиссионным заработком, «из малого прокормления». Этим они донельзя сбивали цены русских товаров, сильно подрывали настоящих капиталистов, должали неоплатно иноземцам, разорялись. Нащокин вскоре по приезде предложил псковскому посадскому обществу ряд мер, которые земские старосты Пскова, собравшись с лучшими людьми в земской избе (городской управе) «для общего всенародного совету», должны были обсудить со всяким усердием. Здесь при участии воеводы выработаны были «статьи о градском устроении», своего рода положение об общественном управлении города Пскова с пригородами в 17 статьях. Положение было одобрено в Москве и заслужило милостивую похвалу царя воеводе за службу и радение, а псковским земским старостам и всем посадским людям – «за их добрый совет и за раденье во всяких добрых делех».