Бейғам отырған қазақтар аямай қырылды. Жоңғарлар Жетісуды, Ұлы жүзді қырып-жойып, Ұлы жүз, Кіші жүз жеріне де жетті. Халық басы ауған жаққа шұбырды. Ұлы Жүз бен Орта Жүздің қазақтары Самарқан пен ходжентке қарай шұбырды. Кіші жүз қазағы хиуа мен Бұхараға ағылды. Босқындардың біразы Сырдың сол жағындағы Алакөл маңына топтасты. Халық бұл кезеңді «Ақтабан шұбырынды, Алқакөл сұлама» деп атады. «Елім-ай» деген ән туды.
Халық ең соңында бірігудің қажеттігін түсінді. 1728 жылы Әбілхайыр бастапан Кіші жүз жасақтары, Тайлақ батыр, Саурық батыр бастапан әскерлер Ырғыз уезінің оңтүстік шығыс бетіндегі Бұланты өзенінің жағасында «Қара сиыр» деген жерде қалмақтарға қарсы соққы берді.
1730 жылы көктемде Балқаш көлі маңында тағы соғыс басталды. Бөгенбай, Қабанбай, Наурызбай, сияқты батырлар бастапан қазақ жасақтары жоңғарларға аяусыз соққы берді. Бұл жер кейін «Аңырақай» деп аталып кетті. Шуно Дабо бастапан қалмақтар Іле өзені бойымен шығысқа қарай қашуға мәжбүр болды. Қазақ жерін азат ету жолындағы соғысты жеңіспен аяқтау үшін Үш жүздің әскерлері Шымкентке таяу Ордабасы деген жерге жиналды. Қолбасшы болып Әбілхайыр мен Бөгенбай сайланды.
Осы тұста Тәуке ханның баласы Үлкен Орда иесі Болат хан қайтыс болды. Таққа талас басталды. Болат ханның інісі, Орта Жүздің ханы Сәмеке (Шахмұхамед) тақтан үміткер болды. Сондай-ақ қалмақты қыруда үлкен ерлік танытқан Кіші жүз ханы Әбілхайырда тақтан дәмеленді. Алайда аға хан болып Болаттың үшінші ұлы Әбілмәмбет сайланды. Әбілхайыр бұған наразы болып, майдан шебінен әскерін алып кетті. Сәмеке де Шу бойымен Бетпақдалаға қарай өз әскерін алып кетті. Жоңғарларға қарсы майдан әлсірей бастады. Ұлы Жүздің ханы Жолбарыс жоңғарлармен мәмлеге баруға мәжбүр болды.
Осы тұста әрбір жүздің ішінде феодалдың бытыраңқылық күшейді. Кіші жүз сұлтандары Батыр мен Нұралы (Әбілхайырдың баласы) өз алдына ел биледі. Сол сияқты Орта жүзде Күшік пен барақ сұлтандардың да өз иеліктері болды. Қазақ хандығының Бұхара, хиуамен қатынасы да нашар болды. Еділ өзені бойында қалмақтар мен башқұрттар Кіші Жүздің жеріне шабуыл жасап, үнемі қауіп туғызды.
Қазақ хандығының саяси-әлеуметтік жағдайы
Қазақтардың өзара саяси қарым-қатынасы
16 ғасырда қазақ хандығы солтүстікте құрылған Сібір хандығымен (орталығы Түмен) шектесті. 1563 жылы Шайбани әулеті мен Тайбұғы руы арасындағы ұзақ жылдар бойы жүргізілген күрестен кейін Сібір хандығы Шайбани әулеті Көшім ханның қолына көшті.
Сібір хандығының халқы түркі тілдес қырық рудан құрылған және угар тайпаларының жиынтығынан тұрды. Хандықтың негізгі халқы түркі тілдес «Сібір татарлары» деген атпен белгілі болды. Сібір хандығы Қазақс хандығымен саяси және сауда байланысын жасап тұрды.
1552 ж. Ресей Қазан қаласын жаулап алғаннан кейін, ол Сібір хандығымен көрші болып шықты. 1581 ж. Ермактың сібірге жорығы басталды. Көшім хан жеңілгенмен, Ермак жеңісті баянды ете алмады, ол 1584 ж,. қаза тапты. Бірақ Сібір хандығы да көтерілмеді. Сөйтіп ол 1598 жылы Ресей құрамына енді.
17 ғ. 2 ж. Қазақ хандығының жағдайы нашар болды. Өзара қырқысты пайдаланған жоңғарлар Жетісудың бір бөлігін басып алып осы аймақта көшіп жүрген қазақтар мен қырғыздарды бағындырды. Бұқара әскерлері Ташкентті алып, қазақтарды ығыстыра бастапан кезде, қазақ хандарының бірі Жәңгір Бұқар әміршісін жоңғарларға қарсы күресу үшін әскери одақ жасауға көндірді. Жәңгір жоңғарларға қарсы жорықта 1652 ж. қаза тапты. 17 ғ. 90-ж-да жоңғарлардың қазақ жеріне шабуылы бәсеңдеді. Бұл кезде қазақ хандығының нығаюы, қырғыздар мен қазақтар арасындағы одақ және оған қарақалпақтардың қосылуы күшті жүрді.
Қазақ хандығының саяси-әлеуметтік шағы
Феодалдық қанау көптеген салық түрін енгізді. Малшыдан зекет, егіншіден ұшыр жиналды. Ең жоғары басқарушы хандар болды. Олар тек Шыңғыс тұқымынан шықты. Феодалдық шартты жер иеленушілік, жерге меншіктің тұрақты түрлері, әсіресе Қазақстанның оңтүстік аудандарында, Сыр бойындағы қалалар аймағында қалыптасты. Олардың сойырғал, иқта, милк, вакуф сияқты түрлері болды. Ханнан тархандық құқық алып, сыйлық жерді иеленушілер онда тұратын егіншілерден, қолөнершілерден өз пайдасына салық жинады. Қазақ қоғамын әлеуметтік-таптық топтарға бөлу негізіне әл-ауқаттылық жағдайынан гөрі, әлеуметтік шығу тегі негізге алынды. Жоғары аристократтық топ ақсүйектерге Шыңғыс әулеттері хандар, сұлтандар, оғландар төрелер, қожалар жатты. Ал басқа халық әл-ауқатына қарамастан қара сүйекке жатқызылды.
Қазақ хандығының аймақтық-әкімшілік бөлінісі
Толық мақаласы: Қазақ хандығының дәстүрлі аймақтық-әкімшілік құрылымы
Қасым хан кезінде Қазақ хандығы велаяттарға бөлінді.
Қазақ хандығының Қасым хан кезіндегі аймақтық-әкімшілік бөлінісі
Қазақ хандығының хандары
Хандарды сайлау дәстүрі
Толық мақаласы: Хан көтеру
Таққа үміткер сұлтандар мен ақсүйектердің көпшілігінің келісімін алған соң, хандықтағы ең беделді сұлтандар мен билер оны жұқа ақ киізге отырғызған, киіз шетінен ұстап үш рет көтеріп, бірнеше рет “Хан! Хан! Хан!” деп айқайлаған”. Ақ киіз дала шөбіне тиер-тиместе көпшілік оны аспанға қайта-қайта көтеріп түсірген. Содан кейін жиналған жұртшылық хан отырған тақ есебіндегі киізді “хан талапай” жасап осы тарихи оқиғаға қа-тысуының куәсі әрі тәбәрік ретінде бөліп-бөліп алған. Кейін той басталып, ол бірнеше күнге жалғасқан. Хан көтеруге келген көпшілік мұнда бірнеше күн тыныққан, сондай-ақ беделді қайраткерлер мемл. маңызды істерді ақылдасқан. Жаңа ханға ел ішіндегі жайттарды мәлімдеген.
Хандар тізімі
Толық мақаласы: Қазақ хандары
Толық мақаласы: Қазақ хандарының шежіресі
Керей хан, Болат сұлтан ұлы, Орыс хан шөбересі 1465—1473 жылдары билеген.
Әз-Жәнібек хан, Барақ хан ұлы, Орыс хан шөбересі 1473—1480 жылдары билеген.
Бұрындық хан, Керей хан ұлы, 1480—1511 жылдары билеген.
Қасым хан, Әз-Жәнібек хан ұлы, 1511—1521 жылдары билеген.
Мамаш хан, Қасым хан ұлы, 1521—1523 жылдары билеген.
Тахир хан, Әдік сұлтан ұлы, 1523—1533 жылдары билеген.
Бауыш хан, Әдік сұлтан ұлы, 1529—1533 жылдары билеген.
Бұйдаш хан, Әдік сұлтан ұлы, 1533—1538 жылдары Жетісу өңірін билеген.
Тоғым хан, Жәдік сұлтан ұлы, 1533—1537 жылдары билеген.
Ахмат хан, Жаныш сұлтан ұлы, 1533—1535 жылдары Сырдария маңын билеген.
Хақ-Назар хан, Қасым хан ұлы, 1538—1580 жылдары билеген.
Шығай хан, Жәдік сұлтан ұлы, 1580—1582 жылдары билеген.
Тәуекел хан, Шығай хан ұлы, 1582—1598 жылдары билеген.
Есім хан, Шығай хан ұлы, 1598—1628 жылдары билеген.
Жәнібек хан, Есім хан ұлы, 1628—1643 жылдары билеген.
Салқам Жәңгір хан, Есім хан ұлы, 1643—1652 жылдары билеген.
Батыр хан, Бөлекей сұлтан ұлы (Әз-Жәнібек хан ұлы, Өсеке сұлтанның ұрпағы), 1652—1680 жылдары билеген.
Тәуке хан, Жәңгір хан ұлы, 1680—1715 жылдары билеген.
Қайып хан, Құсрау сұлтан ұлы (Есім хан ұрпағы), 1715—1718 жылдары билеген.
Болат хан, Тәуке хан ұлы, 1718—1729 жылдары билеген.
Әбілмәмбет хан, Болат хан ұлы, 1740—1771 жылдары билеген.
Абылай хан, Көркем Уәли сұлтан ұлы, 1771—1781 жылдары билеген.
Кене хан, Қасым сұлтан ұлы, (Абылай хан немересі) 1841—1847 жылдары билеген.
Қазақ хандығының мәдениеті
Қазақ поэзиясының аса ірі тұлғалары Шалкиіз (15 ғ.), Доспамбет (16 ғ.), Жиембет (17 ғ.). Қазақтың батырлар жыры тарихи оқиғаларға құрылған. Мысалы: Қобыланды, Ер Тарғын, Алпамыс, Ер Сайын, Қамбар батыр дастандары. Ислам діні толық тарады. Араб жазуы қолданылды.
18 ғасырда қазақтар үз жүзге бөлініп өмір сүріп жатты. Әр жүздің өз ханы болды. Кіші жүзді Әбілхайыр, Орта жүзде Сәмеке (Шахмұхамед), Ұлы Жүзде – Жолбарыс, Түркістан қаласын астана еткен Үлкен Орданың ханы Тәуке еді. Қазақ жерінде орталықтанған мемлекет болмауын көршілері өз пайдасына шешуді ойлады. Оңтүстік-батыстан Жайық казактарының қолдауымен Еділ бойындағы башқұрттар, қалмақтар Кіші жүзге тынымсыз шабуыл жасады. Солтүстіктен Сібір казактары тыным бермеді. Орта Азиядағы Бұқара мен Хиуа хандықтары да қазақ жерінен дәмелі болды. Олардың бәрінен асып түскен жоңғарлар еді.