Il eut pour successeur à la Direction générale des antiquités M. Jacques DE MORGAN, qui venait de se faire connaître par ses recherches archéologiques dans le Caucase russe et en Perse. Le nouveau directeur s'occupa de son service avec activité, achevant le déblaiement de Médinet-abou, explorant avec soin les carrières de la haute Égypte et les environs d'Assoûan, reprenant les fouilles que M. Maspero avait commencées autour des Pyramides de Dahshour et y recueillant, en 1894-1895, les bijoux admirables de plusieurs princesses qui avaient vécu sous la XIIe dynastie. Une bonne part de ces travaux avait été accomplie avec la collaboration de la Mission permanente du Caire et mise au jour par elle, dans J. de Morgan-Bouriant, les Carrières de Ptolémaïs; mais d'autres avaient été publiés indépendamment par le ministère égyptien, Catalogue des monuments et inscriptions de l'Egypte ancienne, t. I, de la Frontière de l'Egypte à Kom-Ombo; et t. II, Kom-Ombo, première partie, puis Fouilles à Dahchour, mars-juin 1894, t. I. Des recherches particulières, absorbant M. de Morgan, imprimèrent toutefois à son esprit une direction différente, et, rompant avec la tradition établie par Champollion, lancèrent la science sur des voies nouvelles. Jusqu'alors les savants avaient discuté, sans résultat évident, la question de savoir si l'Égypte antique avait connu un âge de la pierre et s'il en subsistait des traces; malgré la découverte opérée en 1869 par des savants français, ARCELIN, HAMY, François LENORMANT, sur la montagne qui surplombe Deir-el-Bahari, les avis demeuraient partagés à ce sujet, et les Égyptologues s'étaient si bien accoutumés à commencer l'histoire positive du pays à la fin de la IIIe dynastie, que M. PETRIE, ramenant au jour, pour la première fois, près de Haggadah et de Ballas, des vestiges nombreux d'une civilisation grossière, les attribuait non pas aux Égyptiens d'avant Ménès, mais à une race nouvelle apparue vers le temps du moyen empire. M. de Morgan, reprenant les fouilles de Pétrie à Haggadah, et les étendant à d'autres localités du Saîd situées entre Assiout et Thèbes, montra qu'il s'agissait, en réalité, des générations antérieures à l'âge des grandes Pyramides. Presque simultanément M. Amélineau, creusant le sable dans les nécropoles d'Abydos, y découvrait dans la région d'Omm-el-Gaab, la mère des pots, les hypogées des rois de la Ire, de la IIe et de la IIIe dynasties (1895). Cinq années durant, de 1895 à 1899, M. Amélineau exploita le site d'Abydos, aux frais d'une association d'amateurs français. Ces fouilles, les plus fécondes qu'il y eût en résultats nouveaux, furent publiées: par M. de Morgan, dans son ouvrage en deux volumes, Recherches sur les origines de l'Égypte, t. I l'Age de la pierre et des métaux, t. II Ethnographie préhistorique et le tombeau royal de Négadah; par M. Amélineau, malheureusement avec un esprit critique insuffisant, dans une foule de rapports, de brochures ou de livres, qui se succédèrent de 1895 à 1910, les Fouilles d'Abydos, campagne de 1895-1896, les nouvelles Fouilles d'Abydos (1896-1897), les nouvelles Fouilles d'Abydos (1897-1898), et trois volumes in-4° sur les nouvelles Fouilles d'Abydos, et le Tombeau d'Osiris, monographie de la découverte faite à Abydos, en 1897-1898.
La mission française avait pris une part importante aux travaux de M. de Morgan, mais employée par lui à des tâches secondaires, elle n'en tira pas de renom. M. Maspero en effet, forcé de surveiller les études qu'il avait entreprises pour son propre compte, avait renoncé à s'occuper d'elle pour le moment. C'étaient d'un côté son Histoire des peuples de l'Orient classique dont il avait donné une forme abrégée vingt ans auparavant et qui parut en livraisons de 1892 à 1900, de l'autre ce qu'il appela la Bibliothèque égyptologique. Il avait remarqué, au cours d'une carrière déjà longue, que la plupart des oeuvres écrites par les maîtres de l'Égyptologie, depuis Champollion, étaient comme perdues dans des livres tirés à petit nombre d'exemplaires, ou dans des revues et des journaux disparus depuis longtemps: il résolut donc d'aller les rechercher où elles étaient et de les réunir dans une collection accessible à tous. C'était rendre service aux jeunes, qui ne se trouveraient plus exposés à présenter comme neuves des idées déjà vieilles, et aux anciens, dont on pouvait ainsi saisir aisément le travail et apprécier à sa juste valeur l'influence exercée au développement de la science. Ajoutez à cela une collaboration régulière au Journal des Débats destinée à populariser l'historiographie ancienne de l'Orient; une partie des articles composés ainsi, non sans peine, a été réunie en volume vers 1907. Cependant l'assiduité ne faiblissait pas à l'École des hautes études et au Collège de France, dont MM. LACAU, MORET, Isidore LÉVY, le père DEIBER, l'abbé ERMONI, et vingt autres suivaient les cours. M. Mallet publiait son bel ouvrage sur les Premiers établissements des Grecs en Égypte. M. Chassinat achevait le premier volume de l'Édfou de Rochemonteix. M. Amélineau lançait l'un après l'autre ses Actes des Martyrs de l'Église copte, sa Morale égyptienne quinze siècles avant notre ère, études sur le papyrus de Boulaq N° 4, où il s'inspirait des remarques faites par M. Maspero à l'École des hautes études, son Essai sur l'Évolution historique et philosophique des idées morales dans l'Égypte ancienne, et la première partie fort peu personnelle de son Histoire de la sépulture et des funérailles en Égypte. M. Loret composait sa Flore pharaonique. M. CHARDON amorçait son Dictionnaire démotique qu'il n'a point terminé. M. Legrain offrait comme thèse à l'École du Louvre le Livre des Transformations, et M. BOUDIER, les Vers égyptiens, métrique démotique, étude prosodique et phonétique des Poèmes satyriques, du Poème de Moschion et des papyrus à transcriptions grecques de Leyde et de Londres.
A cette époque, M. de Morgan étant retourné en Perse avec une Mission du Ministère français, M. Victor Loret le remplaça en Égypte à la direction du Service des antiquités (juillet 1897), et il se voua tout entier aux fouilles. Elles furent heureuses à Saqqarah, où il fit sortir des sables la pyramide ruinée d'une reine Apet de la VIe dynastie, puis, autour d'elle, plusieurs tombeaux qui formèrent comme une Pompéi égyptienne, et surtout à Thèbes où, de 1898 à 1899, il découvrit les hypogées de Thoutmôsis Ier, de Thoutmôsis III, de Maharpiriou et d'Aménôthès II, où étaient renfermées les momies de onze des Pharaons et des princesses des XVIIIe, XIXe et XXe dynasties, en réalité le complément de la trouvaille opérée dix-sept ans auparavant à Deir-el-Bahari. Malheureusement sa direction, si brillante par certains côtés, ne dura que deux années, et le Ier novembre 1899, M. Maspero se voyait renvoyé par le Ministère des Affaires étrangères de France à son ancien poste de directeur du Service des Antiquités. Il porta tous ses soins sur l'administration, divisa le territoire entre onze inspecteurs indigènes aux ordres de deux inspecteurs en chef européens, remit l'ordre dans les finances, réprima de son mieux les fouilles illicites des marchands, prépara dès 1902 une loi sur les antiquités, qui ne fut promulguée que le 12 juin 1912 et que le système des capitulations l'empêcha d'appliquer aux Européens, provoqua, en dépit d'une opposition acharnée, la création de musées locaux à Ismaîliah (1908), à Éléphantine (1912), à Tantah (1913), à Miniéh (1914) et surtout à Assiout (1911-1914), organisa la protection de la région des Oasis (1909), et de 1907 à 1910 arma contre la destruction les temples de la Nubie que menaçait l'élévation des eaux du Nil, produite par le barrage d'Assouan, Debôt, Taffah, Kalabchéh, Dandour, Gerf-Hussein, Ouady es-Séboua, Derr, Ibsamboul. D'autre part, se débarrassant de la tâche des fouilles sur les étrangers, il se chargea d'exécuter le déblaiement et la consolidation des principaux monuments de l'Égypte propre, Saqqarah, Abydos, el-Hibéh de la Grande Oasis, Dendérah, Assouan: il fit dégager à fond Karnak par M. Legrain, Gournah, Esnéh et Edfou par M. Barsanti, Deir-el-Médinéh par M. BARAIZE qui avait restauré déjà el-Hibéh. Les résultats de ses efforts sont consignés dans le Recueil de travaux, dans la Zeitschrift, dans les Comptes rendus de l'Institut égyptien, dans le Bulletin de l'Institut français d'Archéologie orientale du Caire, enfin dans les Annales du Service des Antiquités, fondées en 1899 par M. Loret et dont quatorze volumes ont paru de 1900 à 1915. Cette même période vit achever par ses soins le Kom-Ombo et les Fouilles à Dahchour de M. de Morgan, puis continuer le Musée égyptien, dont M. Grébaut avait émis quelques planches pour une première livraison en 1889, mais qui était demeuré suspendu ensuite jusqu'en 1900. Ces labeurs officiels n'arrêtèrent point les travaux personnels de M. Maspero; mais sans renoncer de collaborer à la Revue critique, il ne cessa pas d'éditer la Bibliothèque égyptologique qui compte aujourd'hui près de quarante volumes; il réunit dans trois livres différents intitulés Causeries d'Égypte (1906), Ruines et Souvenirs d'Égypte (1909) et Essais d'Art égyptien (1911), les articles de vulgarisation qu'il avait écrits pour le Journal des Débats, pour le Temps et pour diverses revues, inséra dans la Bibliothèque d'Étude des éditions critiques des Mémoires de Sinouhit (1908), de l'Hymne au Nil (1911) et des Instructions d'Amenemhait (1914), enfin composa pour la collection Ars una le traité Égypte (1912) où est exposée pour la première fois l'histoire complète de l'art égyptien, depuis ses origines jusqu'à sa disparition.
Presque en même temps que le Service des Antiquités, la Mission permanente du Caire avait changé de directeur, et, qui plus est, de condition. M. Bouriant, subordonné par ordre à M. de Morgan, puis à M. Loret, n'avait pas eu le loisir d'achever la préparation de son grand ouvrage sur Médinet-abou, ni de demander beaucoup d'activité à ses élèves; il avait pourtant déménagé la Mission de la Maison Karcher dans l'édifice que l'architecte Ambroise, BAUDRY lui avait bâti aux frais du gouvernement français, dans la rue Soliman-Pacha, près du nouveau Musée égyptien. En s'établissant ainsi chez elle, la Mission avait perdu son nom et modifié son statut: elle était devenue l'Institut français d'Archéologie orientale du Caire et elle avait reçu la personnalité civile. Bouriant y ouvrit une imprimerie très modeste d'abord, mais au mois de septembre 1897, il fut frappé d'hémiplégie, et, après une sorte d'interrègne où Chassinat, alors membre de l'École, exerça ses fonctions, il fut mis à la retraite et Chassinat lui succéda comme directeur en 1898. Celui-ci par goût et par nécessité, développa fortement l'imprimerie et fit d'elle, pour la composition et pour le tirage hiéroglyphique, le premier atelier du monde. Il dirigea des fouilles importantes à el-Ghattah, près d'Abouroache, à Baouît, à Assiout, avec le concours des membres de l'Institut, GAUTHIER, GUILMANT, CLÉDAT, PIÉRON, GOMBERT, PALANQUE, BARRY, LESQUIER et des élèves de l'École d'Athènes détachés auprès de lui, JOUGUET et Gustave LEFEBVRE. Gombert périt malheureusement près de Tounah, mais les autres eurent le temps de mettre en ordre le résultat de leurs recherches. Palanque, élève diplômé de l'École des hautes études, y avait présenté comme thèse un ouvrage sur le Nil à l'époque pharaonique. Clédat publia de 1904 à 1906 le Monastère et la Nécropole de Baouît, GUILMANT, le Tombeau de Ramsès IX en 1907, MALLET, en 1909, le Kasr el-Agoûz, Chassinat avec Piéron et Gauthier (1906) les Fouilles d'El-Ghattah, et seul en 1910 le Mammisi d'Edfou. Joignez-y les Mémoires sur les fouilles de Licht, exécutées au temps de Bouriant par Gautier et JÉQUIER, les Monuments pour servir à l'histoire du Culte d'Atonou recueillis en 1893 par Bouriant, Legrain et Jéquier, mais mis au jour en 1903-1905 seulement, les travaux de Lacau, Fragments d'apocryphes coptes (1904), de DEIBER, Clément d'Alexandrie et l'Egypte (1904), de VERNIER sur la Bijouterie et la Joaillerie égyptiennes (1907), le Livre des Rois d'Egypte commencé par Gauthier en 1910 dont les trois volumes parus n'ont pas épuisé la matière, et vous aurez une idée de l'élan qu'il imprima à l'École dans le domaine égyptologique, car je n'ai pas à parler ici des publications entreprises dans les autres champs de l'orientalisme. La création du Bulletin de l'Institut français d'Archéologie orientale (1901), dont quatorze volumes sont là, fournit aux membres l'occasion de faire profiter le public de leurs recherches moindres, et celle de la Bibliothèque d'Étude (1908), dont six volumes sont déjà en vente, le moyen de préparer des éditions de manuscrits égyptiens ou coptes. Son activité fut ralentie vers 1905, 1906,1907 par une campagne delà presse française d'Egypte qui, ne comprenant pas le rôle que jouait notre Institut dans le pays, prétendit le dépouiller du terrain qu'il possédait au profit d'autres établissements. Pour le soustraire aux attaques, il dut le transporter au quartier lointain de Mounira, sur un terrain où il donna asile à l'École de Droit français. Il réussit à le faire dans des conditions très avantageuses, mais les soucis de l'opération et le trouble qu'elle jeta dans le recrutement arrêtèrent les fouilles importantes: le transfert dûment achevé, il envoya sa démission en janvier 1912 et fut remplacé en juillet suivant par M. Lacau, qui se consacra exclusivement aux fouilles et explora avec succès, en collaboration avec M. MONTET, la nécropole d'Abou-roache (1913-1914), par les soins de MM. DAUMAS et Jean MASPERO, les édifices de Baouît (1913), enfin en 1914, les koms d'Edfou par l'intermédiaire de MM. JOUGUET et COLLOMP (1914). L'impulsion donnée aux publications par M. Chassinat continua de s'exercer pleinement pendant ces deux années encore. Elles ont vu paraître: Chassinat et Palanque, une Campagne de fouilles dans la nécropole d'Assiout (1911); Gautier, le Livre des Rois d'Egypte (t. III, 1913); COUYAT et Montet, les Inscriptions de la vallée de Hammamat(1914): la plupart de ces travaux durent leur succès à la collaboration du Service des antiquités et de la Mission.