Вслед за этим начинаются отказы от воинской повинности по религиозным побуждениям. Эти отказы заставляют Черткова заняться помощью и облегчением участи молодых людей, которым предстояли тяжелые испытания за их отказ. Благодаря своим связям, ему удавалось видеться с этими лицами в дисциплинарных батальонах, тюрьмах, он передавал им письма, ободрял их, утешал, собирал всевозможные данные о жизни этих людей, содействовал всячески лицам, описывавшим эту их жизнь, и т. д.
Все эти хлопоты и волнения отвлекали его от издательской деятельности, которая, под его руководством, шла все-таки при содействии его друзей. Но цензурный условия заставляют его уйти от созданного им дела, и в 1895 году он оставляет эту деятельность, совершенно поглощенный новым движением среди духоборов.
После разорения и расселения духоборов по пустынным гористым местам Кавказа, где их ждала гибель, Чертков стал широко распространять в обществе и среди высших правительственных лиц составленное им, совместно с друзьями, воззвание «Помогите!» Около того же времени он написал свою статью «Напрасная жестокость», посредством которой он надеялся повлиять на высшие правительственные сферы в смысле облегчения участи как духоборов, так и вообще всех, отказывающихся от исполнения воинской повинности по религиозным убеждениям. Эту записку свою Чертков доставил покойному государю Александру III, которому она была прочтена. На государя записка произвела благоприятное впечатление, следствием чего была замена заключения в дисциплинарные батальоны ссылкой в Якутскую область на определенный срок. Но с наступлением русско-японской войны мера эта была снова отменена. Никто до сих пор еще не подумал ее восстановить, и люди, продолжающее отказываться от отбывания воинской повинности по религиозным убеждениям, снова предоставлены «напрасной жестокости» дисциплинарных батальонов и одиночного тюремного заключения.
Л. Н. Толстой не только следил с живейшим интересом за деятельностью своего друга, но эта деятельность еще теснее сближала его с ним, так как интересы их в этом отношении совершенно совпадали. Оба делали одно и то же дело.